復合相變換熱器內部主要有兩種清洗方式：拆除式清洗及原位清理。假如條件具備，應盡可能使用原位清洗方式，由于原位清洗不需要拆卸熱交換器。

清除熱交換器時，遵循以下流程進行。
（1）將復合相變換熱器進出兩支管內的循環水排放。排水不暢通，可適當提高一側壓力。
（2）用大于25℃的清洗液在換熱器內部進行強制性循環。
（3）清洗液回收釋放后，連接高壓清洗泵，采用清水進行清洗，防止清洗液殘留。
（4）清洗應注意與主系統隔離，防止污染系統水質，如凝結水。
（5）單模塊清洗完畢應進行檢查，防止模塊隔離門或墊片損壞。
（6）整體清洗完畢應進行模塊排氣。

（7）冬季應注意防凍。